Aus Sicherheitsgründen wird die Höchstgeschwindigkeit im Tunnel bei 80 km/h liegen. Es wird ein System geben, das Brände schnell entdeckt und meldet, außerdem ein sehr effektives Rauchabsaugsystem. 20 Notausgänge und Querverbindungen zwischen den beiden Tunnelröhren sind ebenfalls Bestandteile des Sicherheits- und Brandschutzkonzepts für den Tunnel.
Fünf der Querverbindungen können von Rettungsfahrzeugen befahren werden. Grundlegende Rettungskonzepte für verschiedene Brandfälle wurden mit den zuständigen Feuerwehren in Niedersachsen und Schleswig-Holstein bereits erarbeitet.
Da der neue Elbtunnel keinen eigenen Verkehrswert hat, darf der Bau erst beginnen, wenn die beiden Anschlussabschnitte einen rechtsgültigen Planfeststellungsbeschluss haben.